قانون مالیات بر ارزش افزوده در سال 1387 تصویب و بهصورت آزمایشی به اجرا درآمد، اما تاکنون که حدود 7 سال از اجرای آن سپری شده، بسترها و زیرساختهای لازم برای اجرای دقیق و صحیح این قانون ایجاد نشده و شیوه کنونی اجرای آن به نوعی با بخشهای مختلف اقتصادی به ویژه بخش تولید کشور، همراه و سازگار نشده است. به همین منظور، مشکلات و چالشهای اجرای این قانون درخصوص برخی صنایع تولیدی منتخب کشور از جمله صنعت تولید فرش دستباف، صنعت تولید لوازم خانگی و صنعت تولید محصولات غذایی و لبنی در گزارشی مورد مطالعه قرار گرفته است. ارزیابیها نشان میدهد که معافیت برخی کالاها از پرداخت مالیات در حالی که زنجیره پیشین آنها معاف نیست، نحوه استرداد و زمانبر بودن مطالبات مودیان از سازمان امور مالیاتی، نبود امکانات سختافزاری و نرمافزاری و کمبود نیروی انسانی متخصص در اجرای قانون، عدم تنظیم دورهها و تعداد فواصل زمانی پرداخت و ارائه اظهارنامه مالیاتی توسط مودیان با توجه به نبود امکانات نرمافزاری و آموزش آنها و نوپا بودن قانون در کشور، عدم تعیین دقیق کالاهای معاف از مالیات و مشکلات ناشی از گستره انواع آنها از جمله مشکلات تولیدکنندگان است. از سوی دیگر، دریافت مالیات بر اساس تاریخ فاکتور از خرید و فروشهای مدتدار از مودیان، معضل استرداد اعتبار مالیاتی فعالان اقتصادی نیز از مسائل و مشکلات به وجود آمده برای تولیدکنندگان بخش صنعت از جانب اجرای قانون مالیات بر افزوده است.
با توجه به چالشها و مشکلاتی که اجرای قانون مالیات بر ارزش افزوده به شیوه کنونی برای صنایع تولیدی داخلی ایجاد کرده، مرکز پژوهشهای مجلس در گزارشی پیشنهادهایی برای رفع و کاهش این چالشها ارائه کرده است. بر اساس این گزارش مشمول نرخ صفر کردن برخی کالاها برای پرداخت مالیات به جای معافیت آنها، ارجاع استرداد مطالبات مالیاتی مودیان مشمول به قانون مالیات بر ارزش افزوده در دوره مشخص به جای ارجاع استرداد مطالبات آنها به سایر قوانین مالیاتی از جمله قانون مالیاتهای مستقیم از جمله موارد پیشنهادی است. ایجاد سیستم نرمافزاری و حسابداری و صندوقهای فروش و صدور فاکتور آنلاین برای کلیه مودیان توسط سازمان امور مالیاتی، مشخص کردن گستره انواع کالاهای مشمول نرخ صفر یا پرداخت مالیات با نام مشخص کالا، کاهش تعداد دورهها و افزایش فواصل زمانی پرداخت مالیات و ارائه اظهارنامه مالیاتی برای مودیان، اعطای تخفیف مالیاتی به مودیان خوش حساب در مقابل جریمه مودیان متخلف از دیگر پیشنهادهای مطرح شده است. از سوی دیگر، قبول ضمانتنامه مالیاتی از مودیان توسط سازمان امور مالیاتی بابت خرید و فروشهای مدتدار و نسیه برای کاهش فشار بر نقدینگی و سرمایه در گردش آنها، جذب و آموزش نیروی انسانی متخصص و خبره توسط سازمان امور مالیاتی برای رسیدگی سریعتر و دقیقتر به پروندههای مالیاتی، فراهم آوردن زیرساختهای سختافزاری و نرمافزاری لازم برای اجرای بهتر و مناسبتر قانون مالیات بر ارزش افزوده، اطلاعرسانی دقیق و آموزش مقررات مربوط به مالیات بر ارزش افزوده به مودیان و ممیزان مالیاتی، شناسایی دقیق و به روز اعتبار مالیاتی مودیان مالیاتی و فعالان اقتصادی توسط سازمان امور مالیاتی و دستگاه حاکمیتی از دیگر موارد پیشنهادی است. مرکز پژوهشهای مجلس همچنین بر این نکته تاکید کرده که اجرای قانون مالیات بر ارزش افزوده با تمام مزیتهایی که در بحث شفافسازی فعالیتهای اقتصادی دارد، مشکلاتی را برای تولیدکنندگان کشور به وجود آورده که این مشکلات اغلب از احکام مبهم قانون، اجرای ناصحیح قانون یا نبود بسترهای لازم برای اجرا و عدم اطلاع کامل مودیان از این قانون یا از تفسیر ناصحیح ممیزین مالیاتی از احکام قانون، ناشی میشود.