غلامحسین شافعی در نامه خود خطاب به احسان خاندوزی، وزیر اقتصاد، نوشته است: «طبق ماده (۶۴) قانون الحاق موادی به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت، ادارات امور اقتصادی و دارایی مکلفند هنگام صدور تسویه‌حساب‌های آن دسته از مودیان مالیاتی که دارای کارت بازرگانی (حقیقی و حقوقی در بخش‌های دولتی، تعاونی و خصوصی) هستند، اصل فیش واریزی سه در‌هزار درآمد مشمول مالیاتی که به حساب اتاق بازرگانی و صنایع و معادن ایران و اتاق تعاون ایران واریز شده و به تایید اتاق‌های بازرگانی و صنایع و معادن و اتاق‌های تعاون رسیده است را دریافت کنند. با توجه به طرح مباحثی با مقاصد نامشخص درباره میزان درآمدهای فوق در سال‌های اخیر مستدعی است به‌عنوان گامی جهت شفافسازی که جزو اقدامات و اهداف ارزشمند حضرتعالی است، دستور فرمایید سازمان امور مالیاتی نسبت به محاسبه و اعلام میزان درآمدهای فوق در سه سال‌اخیر اقدام لازم را مبذول کند، ضمنا از نظر اتاق بازرگانی، صنایع، معادن و کشاورزی ایران، انتشار عمومی نتیجه بررسی فوق بلامانع است.» او همچنین در نامه خود خطاب به رضا فاطمی‌امین، وزیر صنعت، معدن و تجارت، نوشته است: «به هنگام بررسی لایحه بودجه ۱۴۰۱ در مجلس شورای اسلامی، مباحثی پیرامون منابع درآمدی اتاق‌های بازرگانی، صنعت، معدن و تجارت و کشاورزی مطرح شد. اگرچه در آن زمان ضمن بیان توضیحات درباره ماخذ و نحوه محاسبه این‌گونه درآمدها، مستندات نیز برای اعضای محترم کمیسیون تلفیق ارسال شد، متاسفانه بار دیگر با مقاصد نامشخص این مطالب در فضای رسانه‌ای منتشرشده است و اتهامات سنگینی تحت‌عنوان اختلاس نیز به آن اضافه شده است. از شما به‌عنوان رئیس شورای‌عالی نظارت درخواست دارد تا اقدام لازم را برای بررسی مستقل درباره میزان منابع و مصارف این نهاد در سه سال‌اخیر و اعلام آن به مراجع ذی‌ربط مبذول کنید، ضمنا از دیدگاه این اتاق، انتشار عمومی نتایج بررسی فوق بلامانع است.
دو نامه «شافعی» برای شفافسازی درآمدهای اتاق ایران
به نقل از دنیای‌اقتصاد : رئیس اتاق بازرگانی، صنایع، معادن و کشاورزی ایران در نامه‌‌‌‌‌‌های جداگانه به وزرای اقتصاد و صنعت، خواستار انتشار اطلاعات مربوط به منابع درآمدی اتاق ایران طی ۳ سال‌اخیر شد. غلامحسین شافعی از فاطمی‌امین که ریاست شورای‌عالی نظارت بر اتاق ایران را نیز به عهده دارد، خواسته است به‌صورت مستقل میزان منابع و مصارف درآمدهای اتاق ایران در ۳ سال‌اخیر را بررسی و نتیجه را به مراجع ذی‌ربط اعلام کند. شافعی در هر دو نامه تاکید کرده است که انتشار عمومی اطلاعات مذکور از نظر اتاق ایران بلامانع است.